1990. aastate lõpus hakkas Eestis laiemalt süvenema arusaam, et suurkiskjad on meie ökosüsteemis olulised ja vajavad senisest suuremat tähelepanu. Seda ajendas peamiselt Eesti seostumine Euroopaga: oldi ühinetud mitme rahvusvahelise looduskaitselepinguga ning nõukogudeaegne mõtteviis hakkas vahetuma euroopaliku vastu. ELF oli toona üks innukam vabaühendus, kes kasutas avanenud välisabiprogramme Eesti looduskaitse heaks ära.

Aastatel 1997–2000 oli ELF-il Robert Oetjeniga eesotsas juhtroll suures Taani projektis „Rahvusvaheliselt tähtsate liikide ja elupaikade inventuur Eestis”, mille eesmärk oli valmistada Eesti looduskaitset ette euroliidu jaoks. Inventeeriti EL loodus- ja linnudirektiiviga kaitstavaid kooslusi ja liike, sealhulgas suurkiskjaid. Projekti raames hakati Harri Valdmanni juhatusel koostama Eesti suurkiskjate kaitsekorralduskava.

Esimene otseselt suurkiskjaid käsitlev projekt kandis pealkirja „Hundi hoiu plaanimine Eesti-Läti piiri ümbruses” (Conservation Planning of Wolves in the Estonian–Latvian Cross-border Region), ELF viis selle täide koos Läti looduse fondiga aastatel 1999–2000. Projekti siht oli tutvustada hunti üldsusele ja hinnata huntide (ja ilveste) rände määra üle riigipiiride nii Eesti ja Läti vahel kui ka Venemaa suunal. Tollal oli nii jahimeeste kui ka jahindusametnike seas laialt levinud arusaam, et naaberriikidest, eriti just Venemaalt üle Peipsi järve rändab meile alatasa rohkesti hunte, mistõttu võime neid piiramatult küttida, ilma et see asurkonda ohustaks. Projekti raames koolitas Nikolai Laanetu piirivalvureid vaatlema riigipiiri ületavate loomade jälgi. Oletus huntide hulgalise sisserände kohta lükati ümber: piirivalvurite vaatlused näitasid, et enamik Eestisse tulnud hunte ja ilveseid läks ka tagasi, seega oli enamasti tegemist isendite või karjadega, kelle valdusala hõlmas mõlema riigi maid. Hilisemad hundi ja ilvese demograafilised uuringud on kinnitanud, et riigist riiki küll rännatakse, kuid arvukus Eestis sõltub ikka siin sündinud, mitte sisserännanud loomade hulgast.

Aastad 2000–2002 olid suurkiskjate kaitsekorralduse arengus murrangulised. 2000. aastal loodi Euroopa suurkiskjate hoiu algatusrühma (LCIE: Large Carnivore Initiative for Europe: http://www.lcie.org) raames piirkondlik üksus Balti suurkiskjate hoiu algatusrühm (BLCI: Baltic Large Carnivore Initiative). Sellest sai alguse tihedam koostöö suurkiskjate uuringute ja kaitsekorralduse vallas Balti riikide vahel ning Balti riikide ja muu Euroopa vahel. ELF Robert Oetjeniga eesotsas oli toona üks peamisi selle koostöö arendajaid.
2001. aastal valmis ELF-i käe all Euroopa Nõukogu tellitud põhjalik ülevaade suurkiskjate olukorrast Balti riikides ja BLCI tegevuskava aastateks 2001–2005 (täielikku ülevaadet võib lugeda LCIE kodulehelt: www.lcie.org/Docs/Regions/Baltic/COE Status of LCs in the Baltic 2001.pdf).
Samal aastal valmis suurkiskjate kaitse- ja ohjamiskava, mida aasta hiljem hakati usinalt ellu viima. Tegevuse võttis enda hoolde keskkonnaministeerium, mille juurde loodi suurkiskjate koordinaatori ametikoht ning suurkiskjate kaitse- ja kasutuse korraldamise töörühm. Sellest ajast peale on suurkiskjate kaitse ja kasutus olnud riigile tähtis tegevus, mistõttu pole vabaühendustel olnud tarvidust selle valdkonnaga enam nõnda agaralt tegeleda.
2003.–2005. aastal viidi ellu BLCI ning Norra, Eesti, Läti, Leedu ja Poola ühine uurimisprojekt „Suurkiskjad põhja maastikel: erialadevaheline käsitlus nende piirkondlikust kaitsest” (Large carnivores in northern landscapes: an interdisciplinary approach to their regional conservation), mida rahastas Norra teadusfond. Tegevusvald oli lai: inimese ja suurkiskjate suhted, asurkondade seisund ja ökoloogia. Peale ELF-i osalesid Eestist keskkonnaministeerium, Tartu ülikool ja Eesti maaülikool. ELF-i roll oli tutvustada projekti käiku ja tulemusi meedias ning hinnata suurkiskjate kahjustusi. Sellest projektist on saanud alguse mitu senini väldanud tegevust, näiteks suurkiskjate kahjustuste seire ja suurkiskjate raadiotelemeetrilised uuringud.

Lähitulevikus on ELF-il plaanis osaleda ilvese Balti asurkonna kaitse projektis. Nimelt üritab maailma looduse fondi Poola osakond (WWF Poland) taastada ilvese elujõulist asurkonda Kirde-Poolas, viies sinna elama peamiselt Eestist püütud isendeid. Eesti ilveseasurkond on piisavalt tugev: selle suurust hinnatakse praegu umbas 800 isendile ning korrapärane küttimine ei ole tema seisundit halvendanud. Seetõttu ei kahjusta asurkonda see, kui plaani kohaselt asustatakse siit mõne aasta jooksul Poolasse ümber paarkümmend looma. Pealegi on Eesti ilveseasurkond tegelikult osa Balti asurkonnast (hõlmab ka Lätit, Leedut ja Valgevenet ning osa Venemaast, Ukrainast ja Poolast), mille kaitset peakski korraldama tervikuna, koostöös teiste riikidega.

Peep Männil (1965) on zooloog, keskkonnateabe keskuse ulukiseire osakonna juhataja. Suurkiskjate kaitsekorralduse, seire ja uuringutega tegelnud aastast 1998.