Kalapüügiga tegelevate isikute heaolu oleneb eelkõige kalavarudest. Olgu siis tegemist kutselise kaluri või harrastuskalastajaga, kellel mõlemal on õigus kalavarusid kasutada. Heas seisus kalavarude puhul on kulutused kalapüügile väiksemad ja saagid suuremad – seetõttu on suuremad ka kutseliste kalurite sissetulekud ning amatööridelgi on rohkem põhjust kalavetel käia.

Üldistades võib tõesti öelda, et Läänemere kalavarude olukord ei ole kiita, kuid täpsema ülevaate saamiseks tuleb vaadata kalaliike eraldi. Kalavaru madalseisu põhjused võivad olla mitmesugused; olulisemad on ülepüük (sh. ebaseaduslik kalapüük), kalade kudealade ning elupaikade ahenemine ja nende seisundi halvenemine.

Eesti rannikumeres elavatest mageveekaladest pakuvad nii kutselistele kui ka amatöörkalastajatele kõige rohkem huvi ahven, koha ja haug. Väinamere piirkonnas on viimaste uuringute andmetel kõikide nimetatud varude olukord halb. Ahvenavaru langes madalseisu 1990. aastate lõpus; sealtpeale on see küll suurenenud, kuid pole jõudnud paari aastakümne tagusele tasemele. Kohasaagid on Väinameres praegu väikesed, kuid noorkalade arvukus annab lootust, et varud võivad lähiaastatel siiski suureneda.
Väinamere kalavaru vähenemise esialgne põhjus oli 1990. aastate ülepüük. Kuigi praeguseks on püügisurve märksa väiksem, on varud taastunud pikkamisi, ajendiks ebasoodsad loodusolud ning suur looduslik suremus selles piirkonnas. Suuremat looduslikku suremust on muu hulgas tinginud viimase 15–20 aastaga Väinamere saartele tekkinud rohke kormoranide asurkond, kelle toiduks langev kalakogus ületab seal tunduvalt kalastajate püütavaid koguseid.
Liivi lahe piirkonnas, mis on tänapäeval Eesti rannakalanduse kõige olulisem püügipiirkond – siin on enim kalureid ja saadakse ohtramaid saake –, on Pärnu lahe kohavaru olukord kehvavõitu vanemate kalade vähesuse tõttu; saagis on ühtlasi hulgaliselt alamõõdulisi või hiljuti suguküpseks saanud isendeid. 2008. aasta kalavarude uuringud näitavad siiski pisut paremat olukorda kui paaril varasemal aastal. Ahvenavaru on keskmine, ent ka siin teeb murelikuks alamõõduliste kalade suur osakaal püükides. Pärnu lahes on nende liikide isenditel õnnestunud paremini sigida kui mujal rannikumeres. Olukorra parandamiseks tuleb tõhustada kontrolli püügipiirangute täitmise (eriti alamõõdulise kala püügi) üle.
Soome lahe rannikumeres püütakse enim ahvenat, lesta ja merisiiga. Võttes arvesse viimastel aastatel noorte ahvenate arvukamat elutsemist Soome lahe kesk- ja idaosas, võib loota, et lähiajal tööndusliku alammõõdu saavutanud ahvenate saagikus seal suureneb. Soome lahe siiasaagid on viimastel aastatel olnud stabiilsed ja põhinevad peamiselt Soome vetes kudevatel populatsioonidel, mida on tõhusalt täiendatud kalakasvandustest asustatud kaladega.
Lääne-Eesti saarte läänepoolse rannikumere põhiline püügikala on lest, kelle arvukus on mõnevõrra suurenenud – lähiaastatel on see olnud märksa suurem kui 1990. aastatel. Lestavaru on üldiselt kogu rannikumeres heas seisus. Selleks et Lääne-Eesti saarte rannikumere ahvenapopulatsioon jõuaks 1990. aastate kõrgtasemele, peaks lisanduma tugevaid põlvkondi.
Merisiia arvukus oli selles piirkonnas suur aastail 2001–2002 ja on viimastel aastatel jälle tasapisi kasvanud. Selle liigi jaoks on üks oluline probleem sobivate sigimisalade vähesus, sest need on täis kasvanud ehk teisisõnu – selle liigi varude seisundi põhjus pole kalandus. Soome vetest pärinevad siiad on tavalised ka Lääne-Eesti saarte rannikumeres.

Rannapüügi tasuvusest võiks tuua järgmise näite. 1993. aastal oli Eestis koha esmamüügihind (kala hind, mida saab püütud kala müügist kalur) 25 krooni ühe kilo eest ja 2008. aastal 37 krooni ühe kilo eest, samal ajal kui Eesti keskmine palk 1993. aastal oli 1066 krooni ja 2008. aastal üle 12 000 krooni. Arvutus näitab, et 1993. aastal tuli keskmise palga teenimiseks Eestis kaluril püüda 43 kg koha, 2008. aastal tuli samal otstarbel saada juba 324 kg koha. Siit võib järeldada, et isegi kui kalavaru olukord taastub 1990. aastate alguse tasemele, ei piisa elatustaseme kasvu oludes sellest enam niisama arvuka kalurkonna toitmiseks kui 15 aastat tagasi.
Meie põhjakaldal olevates naaberriikides ületavad harrastuskalastajate püütud koha-, ahvena- ja haugisaagid tunduvalt kutseliste kalurite saake ning võib prognoosida, et ka Eestis suureneb nende kalaliikide püügi osatähtsus amatöörpüügil ning kutselise püügi osakaal väheneb.
Läänemere kalavarudest, mida reguleeritakse rahvusvaheliste kokkulepete alusel, on Eesti kaluritel kvoodid Läänemere keskosa ja Liivi lahe räime, Läänemere lääneosa ja idosa tursa, Läänemere avaosa ja Soome lahe lõhe ning kilu püügiks. Nende varude kohta annab hinnanguid ja haldamissoovitusi rahvusvaheline mereuurimisnõukogu (ICES).
Liivi lahe räime kudekari on 2004. aastast alates küll pisut vähenenud, kuid tänu 2005. ja 2007. aasta arvukatele põlvkondadele siiski endiselt suurem pikaajalisest keskmisest. Varu on Liivi lahes hallatud jätkusuutlikult ja järgmise aasta püügikvoot on umbes 4% suurem kui tänavu. Läänemere avaosa räimevaru kudekari on seevastu küll suurenenud alates 2001. aastast, kui sellest hoolimata hõlmas see vaid 59% pikaajalisest keskmisest.
Kuna pärast 2002. aastat pole selles varuühikus arvukaid räimepõlvkondi tekkinud, on varu viimastel aastatel suurenenud peamiselt kalastussuremuse (kalapüügist põhjustatud suremus) vähenemise tõttu. ICES meelest vastab Läänemere avaosa räimevaru kasutuse intensiivsus jätkusuutlikule tasemele. Arvestades varu olukorda, on Läänemere avaosa räime püügikvoot siiski järgmisel aastal 12% väiksem kui tänavu.
Eesti vetes on tursavaru endiselt väike, ent siiski paremas seisus kui 2000. aastate alguses. Meil ei tasu tursa sihtpüük end majanduslikult ära ning turska saadakse sisuliselt vaid kaaspüügina. Samas püüavad Eesti laevad turska Läänemere lõunaosas. Üldiselt näib, et Läänemere tursavarud on pärast tursavarude pikaajalise majandamiskava rakendamist 2008. aastal hakanud paranema, mistõttu järgmisel aastal on püügikvoot Läänemere idaosas 15% ja Läänemere lääneosas umbes 8% suurem võrreldes selle aastaga.

Eestis sigib lõhe suuremal või vähemal määral Purtse, Kunda, Selja, Loobu, Valgejõe, Jägala, Pirita, Vääna, Keila, Vasalemma ning Pärnu jões. Eesti vetes on lõhesaak ohtraim Soome lahe rannikumeres. Ligikaudu 90% Läänemerest püütud lõhest hõlmavad kalakasvanduste kalad ja Läänemerre suubuvatesse jõgedesse asustatud isendid. Loodusliku lõhe varu olukord on halb. Et hoida lõhevarusid, asustatakse ka Eestis Põlula kalakasvatuskeskusest iga aasta lõhemaime Soome lahte suubuvatesse jõgedesse.
Lõhe looduslikku sigimist meie jõgedes pärsib peamiselt sobivate sigimis- ja kasvualade vähesus jõgede tõkestatuse tõttu. Nimelt on praegu mitmesuguste paisude ja muude tõkestusrajatistega takistatud kaladele ligipääs umbes 90% ajaloolistele koelmualadele ja noorjärkude kasvualadele. Teadaolevalt paikneb praegu lõhelastele olulistel vooluveekogudel üle 130 kaladele ületamatu või raskesti ületatava paisu. Nii hüdroenergia kasutamiseks kui ka muul sihil rajatud tõkestusrajatistel puudub enamasti kalapääs üldse või on see ehitatud nii, et kalad sealt üles ei pääse. Keskkonnaministeeriumi juhatusel on Ühtekuuluvusfondi tehnilise abi projekti „Vooluveekogude ökoloogilise kvaliteedi parandamine” raames asutud seda olukorda lahendama, avades kalade läbipääse.
Tuleval aastal on Eesti lõhepüügikvoot Soome lahes sama nagu tänavu ehk 1581 isendit, kuid Läänemere avaosas on kvoot selle aastaga võrreldes 5% väiksem.
Kilu käsitletakse Läänemere ulatuses ühtse varuna. Kuna 2004. ja 2005. aastal ei olnud kilul arvukaid põlvkondi, on kilu kudekari viimasel kahel aastal vähenenud. Viimaste aastate uuringute järgi on varu kahanenud peamiselt Läänemere lõunaosas, kuid Eesti vetes võib varu seisundit endiselt pidada heaks. 2008. aastal oli kilu kudekarja suurus Läänemeres 20% üle pikaajalise keskmise, kuid ICES hinnangul püütakse kilu praegu siiski üle jätkusuutliku taseme. Kiluvaru tulevik oleneb paljuski 2008. aasta põlvkonnast, mis esialgsete hinnangute järgi on arvukas. Võttes arvesse varu olukorda, on järgmise aasta kilu püügikvoot võrreldes tänavusega 5% väiksem.
Eesti kalurid püüdsid 2008. aastal Läänemeres kokku räime 31 838 tonni (sealhulgas Liivi lahest 15 877), turska 972 tonni, kilu 48 601 tonni ja lõhet ligikaudu 5,6 tonni.