Metsakaitsealade võrgustiku projekti käigus valiti välja alad, kus metsakooslusi kaitstakse rangelt. Selle tegevuse jätkuna on koostatud uusi kaitsealade eeskirju ja muudetud seniste kaitsealade kaitse-eeskirju. Edaspidi tuleb koostada uute kaitsealade kaitsekorralduskavad. 2005. aastaks peavad uued kaitsealad olema valmis.

Metsakaitsealade võrgustiku projekti jätk
Mitmetes varasemates Eesti Metsa (1998 nr. 4, 1999 nr. 10 ja 2001 nr. 4) artiklites on juttu olnud Eesti metsakaitsealade võrgustiku (EMKAV) projektist, mille raames määrati kindlaks lisaalad, kus metsakooslusi kaitstakse rangelt. See oli vajalik täitmaks Eesti metsapoliitikas 1997. aastal püstitatud eesmärki: vähemalt 4% metsade kogupindalast peab olema range kaitse all. Välja valiti ligi 38 000 ha suurima loodusväärtusega metsamaid – kokku 53 uut kaitseala; ühtlasi tehti 49 senise või varem projekteeritud kaitseala muudatusettepanekut. Kõigil riigimaadel (üle 32 000 ha) peatati Riigimetsa Majandamise Keskuse peadirektori käskkirjaga igasugune majandustegevus, kuni jõustub alade seaduslik kaitse. Sellega ei olnud metsapoliitikas seatud siht veel saavutatud ega kaitsealade asutamine kaugeltki lõppenud.
2001./2002. aastal valmisid jätkuprojektina Taani keskkonnaministeeriumi ja SA Keskkonnainvesteeringute Keskuse toetusel 73 kaitseala kaitse-eeskirjad või praeguste kaitsealade kaitse-eeskirjade muudatused. Ülejäänud 29 ala kaitseeeskirjaga tegelesid kaitsealade valitsejad teiste projektide raames (projekteeritud kaitseala kaitse-eeskirja täiendamine, kaitsekorralduskavade koostamine, kaitse-eeskirja varem kavandatud muudatuste tegemine jne.). Uusi kaitse-eeskirjade projekte hindasid eksperdid; oma seisukohta väljendasid ka maaomanikud ning nende põhjal tehti projektidesse muudatusi. Järk-järgult antakse uute kaitsealade rajamise või praeguste kaitsealade kaitse-eeskirjade muutmise dokumente üle keskkonnaministeeriumi looduskaitseosakonnale, kes esitab need kinnitamiseks valitsusele. Kuna lähiaastatel on looduskaitseosakonna prioriteet eelkõige Euroopa Liidu loodusdirektiivi nõuete täitmine – Natura 2000 alade valik ja kaitse korraldus –, kestab uute kaitsealade asutamine ilmselt kauem, kui oli esialgu plaanis (EMKAV rakendamise kava järgi 2002. aasta lõpuni). Enamiku kavandatud metsakaitsealade kohta on esitatud taotlus jätta seni riigi omandis olevad tagastamisele või erastamisele kuuluvad maad (ligi 4800 ha) riigi omandisse. Eramaadel (pisut üle 1200 ha) pole õiguslikku alust peatada majandustegevust enne kaitse-eeskirjade kinnitamist.Seega on erametsade loodusväärtused endiselt hävimisohus, kuni seaduslik kaitse pole jõustunud.

Kaitse-eeskirjadega kaasnevad piiride muutused
Kaitse-eeskirjade koostamine on palju mitmetahulisem töö, kui oli suure loodusväärtusega metsaalade valik. Kuna kaitseala asutamine on kallis ja võrdlemisi töömahukas, kaaluti kaitse-eeskirju koostades kohe ka vajadust liita valitud metsi ümbritsevate aladega. Seetõttu vaadati läbi andmed kaitsealuste liikide elupaikade ja kasvukohtade ning muude suure loodusväärtusega alade kohta – niidud, märgalad, veekogud jne. Sageli tehti esialgu vaid metsakoosluste kaitseks kavandatud kaitsealade piiridesse märkimisväärseid muudatusi. Üks ilmekamaid näiteid on Harju- ja Raplamaa piiril valitud Sipa loometsaala, mis moodustas vaid kümnendiku uuest välja pakutud Nõmmepere looduskaitsealast, kuna metsaga liideti Kasari jõe suure loodusväärtusega luhad ja märgalad. Kaitseala rajamise teise etapina liideti kavandatud Nõmmepere LKA koos enamiku Raplamaal valitud metsakaitsealadega omakorda Raplamaa loometsade loodusparki, kus need moodustavad omavahel piiranguvööndiga ühendatuna rangelt kaitstavad tuumalad.
Peale piiride muutmise tehti ekspertide soovitusel muudatusi ka esialgu kavandatud kaitsealade tsoneeringusse (näiteks metsise kaitsekorralduskava valmimise tõttu 2001. aasta lõpus). Paaril juhul alustasid keskkonnateenistused omal algatusel läbirääkimisi eramaaomanikega ning saavutasid kokkulepped liita nende maaomandid kavandatud kaitsealadega. Kaitsealade piire aitas täpsustada ka samal ajal tehtud vääriselupaikade inventuur. Nii saadi uusi andmeid lähikonnas leitud suure loodusväärtusega metsaalade kohta, mille kaitset oli lihtsam korraldada, liites neid juba plaanitsetud kaitsealadega. Mõnikord muutusid kaitsealade piirid ja/või tsoneering, kui oli selgunud I kategooria kaitsealuste loomaliikide uusi elupaiku. Eelnevat juttu illustreerib kaart, kus on kujutatud nii esialgu valitud kaitset vääriva metsaala piir ja tsoneering kui ka lõpuks avalikule arutelule esitatud kaitse-eeskirja projekt.
Tuleb rõhutada, et eelkirjeldatud piire ja tsoneeringuid muudeti ka Eesti Natura 2000 alade rajamise tõttu – seega nii rahvuslike kui rahvusvaheliste eesmärkide huvides.

Uued kaitsealad saavad kaitsekorralduskavad
1994. aasta kaitstavate loodusobjektide seaduse § 5 alusel tuleb koostada uute kaitsealade kaitsekorralduskavad. Need hõlmavad kaitseala majandamise kava kümneks aastaks; nende alusel koostatakse kaitseala tegevuste eelisjärjestus ja tegevusplaan. Kaitsekorralduskavas on antud ala üldiseloomustus, analüüsitud väärtusi ning ohu- ja mõjutegureid, toodud välja sotsiaal-majanduslikud aspektid, püstitatud pika- ja lühiajalised eesmärgid ja ülesanded, kavandatud kaitstavate koosluste ja liikide kaitseks vajalikud tegevused, samuti teadustöö ja seire, määratud ära kaitseala valitsemise kord ja kulud, tehtud ettepanekud piirkonna infrastruktuuri arengu kohta, esitatud tegevuskava koos eelarve, ajakava ning eelisjärjestusega. Ühtlasi on toodud tulemuslikkuse hindamise metoodika.
Kuna kaitsekorralduskava koostada ja ellu viia on veelgi töömahukam ja kallim kui kaitse-eeskirja koostada, oli selge, et kõigi EMKAV projekti kaasatud alade kohta pole neid võimalik koostada ainuüksi Eesti rahaga. Seepärast otsustati taotleda kahekümne kõige keerulisema kaitsekorra ja suurima loodusväärtusega ala kaitse korraldamiseks raha Euroopa Komisjoni LIFE-Nature programmist. Pärast kaheksa kuud kestnud hindamist kinnitas Euroopa Komisjon projekti rahastamise otsuse ning 2002. aasta augustis laekusid esimesed toetusrahad.
2005. aasta lõpuks peavad kõik kakskümmend LIFE projekti valitud ala olema seadusliku kaitse all, nende kaitsekorralduskavad kinnitatud ning esialgsed kaitsekorraldustööd tehtud. Muu hulgas on plaanis tähistada kaitsealad, paigaldada infotahvlid, hooldada niite, taastada metsakoosluste looduslikkus jpm. Välisrahade toetusel peaks olema tagatud vähemalt kahekümne kaitseala pikaajaline majandamine. Kaitsekorralduskavade toetuseks koostatakse LIFE-Nature projekti raames juhendid ka metsade looduslikkuse taastamise ning bioloogilise mitmekesisuse seire kohta. Projekti haldamiseks moodustati Metsahoiu Sihtasutus, mis muu hulgas koostab kaasrahastamise taotlusi mitmesugustele Eesti ühendustele.
LIFE-Nature projekti mitte valitud alade kaitset loodetakse korraldada Eesti Natura 2000 võrgustiku alusel, mille loomine on alles ees. Eesti on võtnud kohustuse koostada nende alade majanduskavad. Nimelt on enamik esialgu metsade kaitseks kavandatud aladest esitatud ka potentsiaalsete Natura 2000 aladena, mille kaitsekorraldus peaks olema valmis juba 2003. aasta lõpuks. See kohustus on raske eelkõige ekspertide nappuse ja lühikeste tähtaegade tõttu, kuid annab siiski lootust, et 2000. aasta lõpuks valitud väärtuslikud metsakooslused saavad lähiaastatel seaduse kaitse. Ühtaegu aitab see saavutada 2002. aastal metsanduse arengukavas püstitatud metsakoosluste mitmekesisuse kaitse eesmärki: võtta vähemalt 10% Eesti metsadest range kaitse alla. Arengukava koostamise ajal oli juba üle 7% metsi looduskaitse tõttu majandustegevusest välja arvatud – nn. rangelt kaitstavad metsad. Loodetavasti suureneb kaitstavate metsade pindala ka seni riigi omandis olevate, kuid endiste eramaade arvel.