Keskkonnaministeerium esitas Euroopa Komisjonile oma seisukoha kolme geneetiliselt muundatud (GM) organismi kohta. Kahte GM-rapsi taotlust Eesti ei pooldanud, GM-puuvilla kohta oli Eesti seisukoht positiivne.

GM-puuvilla (liin 281-24-236/3006-210-23) turustusloaga taotletakse õigust importida puuvillaseemneid Euroopa Liidu maadesse, ühtlasi võimalust neid säilitada ja tööstuslikult kasutada samamoodi kui tavapuuvilla, kuid mitte toiduks, söödaks ja kasvatamiseks. Geenitehnoloogia Komisjon (GTK) ei teinud GM-puuvilla puhul kindlaks riske inimese tervisele ja keskkonnale ning Eesti ei olnud GM-puuvilla turustustaotluse vastu.
GM-raps (liin MS8/Rf3) on muudetud isassteriilseks ja tolerantseks herbitsiid glüfosaadi suhtes. Turustusloa abil tahetakse saada õigus importida seemneid EL-i mittekuuluvatest riikidest, kasvatada GM-rapsi samamoodi kui tavarapsi, kasutada toiduks, söödaks ja tööstustooraineks. GTK soovitas Eestil mitte anda GM-rapsi liini MS8/Rf3 tarbeks turustusluba: geenmuundatud rapsi kasvatades on oht, et see ristub kohalike ristõielistega. Samuti leidis GTK vajakajäämisi immunoloogiauuringutes.