Kui ELFi asutaja ja juhataja Rein Kuresoo nentis 1991. aastal, et “suure saastekoormuse kõrval on meie ebaefektiivne majandus jätnud ulatuslikke loodusmaastikke, mis praeguse Euroopa intensiivse maakasutuse foonil on sageli ainulaadsed”, siis praegu töötab fond selle heaks, et Eesti intensiivistuvas maakasutuses hoida veel säilinud põlismaastikke, neile omaseid asukaid ja jätkusuutlikku kasutusviisi.

Tähelepanu keskmes on Natura 2000 alad, nende taastamine ja hoid; samuti Eesti metsad: siht on kaardistada väärtuslikud metsad, teavitada üldsust metsas toimuvast ja kavandada säästvat majandamist. Ühtlasi on luubi all soode taastamine ja kaitsemeetmed ning merealade kaitse, eeskätt valmisolek tõrjuda merereostust. Tähtis valdkond on põllumajanduse ja looduskaitse eesmärkide ühildamine. Oluline on hoida avalikkust kursis looduses toimuvaga, anda loodusharidust ja rakendada sihikindlalt keskkonnaõigust.

1991. aastal lisas Kuresoo: “.. igasugune välisabi on meie praeguses olukorras mõistetav, ometi peame võimalikult kiiresti jõudma selleni, et suudaksime oma looduskaitsemured ise lahendada.” Niikaugel Eesti veel pole, et suudaks kohapealsete vahenditega oma muredest jagu saada – ilmekas ja kurb näide on naftareostus Läänemaal.

Samas on Eesti jõudnud uude poliitilisse ruumi, Euroopa Liitu, ühes tema murede ja proovikividega. Sestap töötab ka ELF ühes Maailma Looduse Fondi (WWF) ja Maailma Looduskaitseorganisatsiooniga, IUCNiga üle-euroopalisel tasandil. Nii Euroopa Liidus kui ka Eestis on oluline jälgida, kuidas kasutatakse toetusraha: loodusväärtused peaksid säilima, inimeste tervis ei tohi sattuda ohtu ja tuleks tagada juurdepääs teabele ning osalus otsuste tegemisel.

Väärtuslik on koostöö Eesti keskkonnakaitseorganisatsioonidega, kes on kümnekesi koondunud Eesti keskkonnaühenduste koja katuse alla; teiste kodanikeühendustega, nagu Avatud Eesti Fond ja Eesti mittetulundus- ja sihtasutuste liit, kes näevad vaeva, et muuta Eesti keskkonnahoid ja ühiskond avatumaks, ning ärisektoriga (nt. AS Triip).

Suur väärtus ELFi ja Eesti looduse jaoks on kõigi toetajate, vabatahtlike ja koostööpartnerite panus, eriti oluline on see näiteks praeguse naftareostuse tõrjumisel.