Metsahoiu sihtasutus hoiab metsa looduskaitsetegevuste korraldamisega, hankides raha metsade kaitseks. Sihtasutus tegeleb kaitsealade loomisega ning korraldab seal ühtlasi kaitset: tähistab kaitsealasid, suunab turismi, taastab loodusväärtusi, toetab metsanduse looduskaitsealast teadustegevust ning arendab koolitust ja rahvusvahelist koostööd.

Peale riigisiseste rahaallikate on Eestile avanenud mitmed välisabiprogrammid. Et taotleda välisrahastamist, tuleb kirjutada projekte. See on mahukas töö ning eeldab taotleja paindlikkust vajalike töögruppide moodustamisel. Metsahoiu sihtasutus asutatigi nimelt Euroopa Komisjoni LIFE-Nature programmi raha taotlemiseks projektile “Prioriteetsete metsaelupaigatüüpide kaitse Eestis”. Selle aasta juulis langetati nimetatud projekti rahastamise kohta positiivne otsus ning sellest alates on projekti rakendamine Metsahoiu sihtasutuse põhitegevus, ehkki taotlusi on esitatud ka mitmete teiste projektide teostamiseks. Projekt hõlmab Eesti eri piirkondades valitud kakskümmend suure loodusväärtusega metsaala, kogupindalaga 53 896 ha. Projekti eesmärk on tagada neil aladel üleeuroopalise tähtsusega metsaelupaikade ja nendega seotud liikide piisav kaitstus. Selleks koostatakse projekti aladele kaitsekorralduskavad, alad tähistatakse, kavandatakse ning ehitatakse õpperajad ja puhkerajatised, kultuurpuistutes taastatakse loodusväärtusi. Peale selle ostetakse välisrahade toetusel ka kaitsealuseid eramaid, valmistatakse ette õppe- ja juhendmaterjale, korraldatakse seminare ja õppepäevi. Metsahoiu sihtasutuse partnerid ja projekti kaasrahastajad on OÜ Eesti Metsakeskus, riigimetsa majandamise keskus, SA Kodumetsa, Eesti skautide ühing ja keskkonnaministeerium. Projekti kogumaht on 18 784 010 krooni, millest 14 088 015 krooni annab LIFE-Nature programmi raames Euroopa Komisjon. See on Eesti looduskaitsele võidetud raha, mille sihipärase kasutamise eest peab hea seisma just Metsahoiu sihtasutus.