Käänulise, keerulise Eesti ranniku läheduses paikneb lugematu hulk merevee jäänukveekogusid. Rahvasuu on neile andnud ka hulganisti nimetusi: meri, laht, abajas, laguun, laguunjärv, lõugas, rannikulõugas, lais, rannajärv, rannikujärv, reliktjärv, loik, auk, silm, sonn, luht, tarn, lõpp, viik.

Tihti suhtutakse neisse veekogudesse pigem kui tülikasse takistusse rannamaastiku kasutamisel, mitte kui väärtuslikku looduspärandisse ja ökosüsteemi teenuste osutajasse. Vahest seepärast on nende uurimisele ning kaitse ja tarvituse võimalustele võrdlemisi vähe tähelepanu pööratud.
Viimasel ajal on üleeuroopalise looduskaitsevõrgustiku raames hakatud tähtsaks pidama ka meie rannajärvi. Rannajärved on üks enim ohustatud vee-elupaiku kogu maailmas. Neisse on suunatud nii reovett kui ka prügi, rikutud vesiviljeluse ja puhketegevusega jne. Keemilise või mikrobioloogilise reostuse kõrval võib inimtegevus veekogu tasakaalu kahjustada ka liigse kalapüügi, võõrliikide, häirimise jms. kaudu. Ohutegurite seas on ka kliimamuutuse mitmelaadne ja üha kiirenev mõju.

Üks rannajärvede määratlus kõlab: merest kuni viie kilomeetri kaugusel asuvad ja keskmiselt kuni meetri sügavused heledaveelised seisuveekogud, kus nn. kollast ainet (enamasti huumusainetest koosnev kompleks) ei sisaldu üle 7 mg/l, kloriide aga üle 25 mg/l [10]. Teise definitsiooni järgi on rannajärved madalad, merest suhteliselt hiljuti eraldunud või sellega veel ajutiselt ühenduses olevad rannikujärved ja -lõukad, mille vees leidub rohkesti kloriide ja sulfaate ning põhja katab tüse mändvetikatega Chara spp. kaetud mudakiht [9]. Esimene määratlus on täpsem, näiteks mõneski Eesti rannajärves ei ole sulfaate tegelikult rohkem kui tavalistes järvedes ning taimestik ja muda on teistsugused.

Teke ja areng. Meil ja mujal põhjapoolsetes Läänemere maades on rannajärved tekkinud peamiselt maakoore kerke tõttu jääaja järel, lõunapoolsetes aga pigem mere- ja vooluvee setete kuhjumise tagajärjel. Eesti rannajärvede teket on Helgi Kessel [14] kirjeldanud nelja etapina: algne merelaguun, laguun, laguunjärv (nähtav ühendus merega puudub), rannajärv (veevahetus merega puudub). Eesti kõige nooremate rannajärvede sekka kuuluvad näiteks Käina laht, Kirikulaht, Mõisalaht ja Undu laht.
Vaadates rannajärvede senist ajalugu, võib oletada, et nende eluiga kujuneb lühikeseks. Kui Mandri-Eesti järved tekkisid 10 000 – 12 000 aastat tagasi, siis praeguste rannajärvede algusajaks võiks pidada Läänemere arenguloos Limneamere staadiumi algust umbes 5000 aastat tagasi.
Suurele osale rannajärvedest on juba looduse poolest määratud muutuda: eralduda merest, kasvada pikkamööda kinni ning soostuda. Nii muutuvad ka kooslused: kaovad ühtede liikide elupaigad ja tekivad uued teistele.
Lääne- ja Loode-Eestile omase maakerke tõttu võiks uusi rannajärvi sama palju juurde tekkida, kui vanu maastumise ja kinnikasvamise tõttu hääbub. Toitainetega rikastumise ehk eutrofeerumise tõttu sellist tasakaalu paraku pole: rannajärvi hääbub meil rohkem, kui tekib. Sestap on looduskaitse mõttes õigustatud kinnikasvamist peatada, et hoida haruldaste ja vähese levikuvõimega liikide elupaiku. Iga veekogu puhul tuleb aga meetmeid eraldi hoolikalt kaaluda, võttes arvesse ka veekogu lähiümbruse elupaiku. Näiteks koos rannaniitudega moodustab rannajärv tihti tervikliku kompleksi, mis on elutarvilik mitmele elustikurühmale.

Kas ja kuidas neid lahterdada? Rannajärvi peetakse küll ühtseks veekogutüübiks [4–6, 8, 10], aga tegelikult erinevad nad teineteisest tunduvalt. Rannajärve keskkonna määravad peamiselt veevahetus merega, sette struktuur ja tüsedus, järvenõo kuju ja mõõtmed. Sisemaa järvede puhul on tähtsad näitajad ka orgaanilise aine hulk vees, vee värvus ja karedus (s.t. lahustunud magneesiumi- ja kaltsiumiühendite sisaldus), rannajärvede puhul aga olenevad need otseselt eelloetletud kolmest peategurist. Näiteks ühendus merega määrab suures osas vee keemilised omadused. Üldiselt on selgunud, et mida vähem orgaanilisi setteid (s.t. mida rohkem kivist või liivast põhja), mida suurem ja sügavam järv ning mida parem ühendus merega, seda vaesem elustik ja vähem taimi.
Saaremaa rannajärvede taimede 2010. aasta uuringu [2] järgi võiks neid veekogusid alatüüpideks lahterdada toitesoolade sisalduse ja veekogu sügavuse järgi: need omadused määravad järve elustiku koosseisu ja arvukuse. Omavahel eristusid ka merele lähemal (nooremad) ja kaugemal asuvad (vanemad) järved. Esimesed on üldiselt soolasemad ja õhema orgaanilise settega, samas toitesoolade koormus ja kogus järve kaugusega merest kuigi hästi ei korreleeru. See muudab liigitamise keerulisemaks.

Veerežiim. Eesti rannajärved on kõik madalad, enamasti poole kuni kahe meetri sügavused. Kuigi nad võivad pindalalt suuresti erineda, on suhteline veemaht enamasti üsna väike. Näiteks pindalalt Eestis neljandal kohal oleva Mullutu-Suurlahe rannajärve veepeegel on kaks korda suurem, ent veemaht neli korda väiksem kui Saadjärvel Vooremaal.
Rannajärvede veemaht kõigub suures ulatuses: aasta jooksul võib see muutuda kaks korda ja rohkemgi. Oma osa mängib siin veetemperatuuri suur kõikumine: järve madaluse tõttu soojeneb ja aurub vesi väga kiiresti. Kuumadel suvedel on rannajärvede vesi märksa soojem kui sisemaa sügavamate järvede pinnakiht.
Temperatuurirežiim mõjutab omakorda hapnikurežiimi. Jahedamas vees lahustub hapnik paremini. Teisalt on rannajärvede põhi tihti kaetud mändvetikatega, mis fotosünteesivad väga hoogsalt just kuumadel päevadel. Seepärast pole haruldane isegi ligi 200-protsendine hapnikuküllastus: 2010. aastal täheldati seda näiteks Poka, Aenga ja Põldealuse lahes. Öösiti läheb hapnik aga tarvitusse, vähenedes seda enam, et suvesoojas vees lahustub see kehvasti. Seega kõigub rannajärvede hapnikusisaldus üsna ulatuslikult.
Tähtis hüdroloogiline näitaja on veevahetus. Seda on rannajärvedes üsna raske hinnata ja mõõta: kord voolab vesi rannajärvedest merre ja kord merest rannajärvedesse. Mida lähemal paikneb rannajärv merele, seda sagedam ja tõenäolisem säärane veevahetus on.
Meie vaatlustest selgus, et rannajärvede veebilansis on kohati oluline osa ka allikatel: eriti Prästvike järves Vormsi saarel.
Üldjuhul vahetub vesi rannajärvedes väga hoogsalt, mitmel puhul lausa sisemaa veehoidlatega võrreldaval määral.
Seisuveekogu režiimiks peetakse veevahetust alla 30 korra aastas, sellest ohtrama veevahetuse puhul on veekogu iseloom pigem jõeline. Eesti järvede keskmine veevahetus on umbes neli korda aastas. Paljudes rannajärvedes on see aga märksa suurem: näiteks Kasselahes 22, Kiissalahes 33, Kiljatus 10, Koorus 37, Käomardis 39, Oessaares 48, Prästvikes 27, Tammelaisis 140, Veskilaisis 47 korda aastas. Mõnes teises rannajärves on see arv aga üsna väike: Aenga lahes 1,3, Laialepas 0,62, Linnulahes 2,1, Põldealuses 1,1 ja Sarapikus 2 [3]. Siin pole siiski arvestatud korrapäratut merevee sissevoolu, mis on eriti oluline näiteks Aenga, Laialepa ja Mullutu lahes.
Suur veevahetus soodustab liikide rännet ja levikut ning värskendab veekogu uue veega, teisalt aga suurendab ainete koormust ja setete sissekannet valglalt. Ohtra veevahetusega veekogudes on üldjuhul väga tugevasti positiivne ainebilanss, s.t. mitmesuguseid vees leiduvaid aineid kantakse palju rohkem veekogusse kui sellest välja.

Kui vastupidavad on rannajärvede ökosüsteemid? Veeökosüsteemi teevad tugevaks suured mõõtmed ja veemaht, karedam vesi, suurem soolsus, hoogsam veevahetus ja huumusainete rohkus.
Ulatuslikes madalates järvedes on vesi hästi õhustatud. Suurem veemaht tagab aga kogu ökosüsteemi stabiilsuse ja tasakaalu, avarama eluruumi ja mitmekesisema keskkonna. Hoogsam veevahetus tagab parema gaasirežiimi, toitesoolade juurdevoo, eemaldab kogunenud orgaanilisi aineid, võimaldab elustikul liikuda ja vahetuda jne. Vee karedus parandab siseveekogude tasakaalu peamiselt karbonaatse puhversüsteemi kaudu. Karedam vesi varustab ka esmasprodutsente paremini mineraalse süsinikuga.
Orgaaniline aine veekogudes võib olla väga mitmesuguse koostise ja päritoluga. Laias laastus jaguneb see kaheks: keemiliselt ja bioloogiliselt kergesti lagunev orgaaniline aine. Esimese hulka kuuluvad peamiselt huumusained, teise aga punktreostusallikaist (põllumajandusettevõtetest jms.) pärinev orgaaniline aine.
Huumusained toimivad nagu karbonaadidki omalaadse puhversüsteemina. Kui lubiained seovad vette valgunud fosfaate ja piiravad sellega taimede ja vetikate arengut, siis sedasama teevad vähemal määral ka huumusained. Fosfaadid on siseveekogudes peamine taimede arengut piirav tegur. Huumusained mõjutavad oluliselt ka veekogu valgusrežiimi, hajutades ja neelates tugevasti kiirgust. Seepärast võib väita, et mida rohkem huumusaineid, seda stabiilsem ökosüsteem.
Bioloogiliselt kergesti lagunev orgaaniline aine seevastu täidab peaaegu samasugust osa nagu biogeenid. Mida rohkem on veekogus bioloogiliselt kergesti lagunevat orgaanilist ainet, seda ebastabiilsem on veekogu.
Nagu eespool öeldud, erinevad rannajärved pindalalt suuresti, veemaht on aga üldiselt suhteliselt väike ja veevahetus hoogus. Vesi on üldiselt kare ja mineraalainerikas, lahustunud orgaanilist ainet leidub väga vähe. Osa neid näitajaid soosib tugevat ja stabiilset ökosüsteemi, osa aga pigem vastuoksa. Üldiselt on rannajärved siiski mõjutuste suhtes väga tundlikud.

Setteid on rannajärvedes suhteliselt vähe, kuna võrreldes teiste Eesti järvedega on nad üsna noored [15]. Alumine settekiht on enamasti sinakashall savi, mõnes proovipunktis on leitud ka roosakat savi. Savi peal lasub aleuriit, mis allpool on tihedam – savikas või liivakas – ülalpool aga sageli mudane. Kõige peal, tihti suurtaimede vahel, lasub õhuke (enamasti vaid 5–20 cm) kiht järvemuda.
Väga paljudele rannajärvedele on tunnuslik, et eri settetüübid pole järvenõos jaotunud ühtlaselt: osal järvepõhjast mudakiht peaaegu puudub, põhi on liivakas või kruusakas, vahel isegi kivine, teisal on mõnesentimeetrise mudakihi all kohe sinakashall savi, mõnes vaiksemas järvesopis aga on mudakiht lausa mõnekümne sentimeetri paksune. Merele avatud lõugastes võib muda seguneda tormidega peale kantud liiva ja kruusaga. Kui kiire settimine on raugenud, jääb sellistes kohtades mudakihi alla kas liiv või kruus.
Orgaanilist ainet leidub setetes suhteliselt vähe: pealmistes järvemudakihtides on seda ligikaudu 10% sette kuivkaalust, sügavamal veelgi vähem. Erandlikult palju orgaanilist ainet leidus Linnulahe settes: pindmises kahe sentimeetri paksuses settekihis ligikaudu 50%.
Kaltsiumkarbonaati leidub rannajärvede setetes aga võrdlemisi palju, enamasti 20–40%. Orgaanilisest ja karbonaatsest materjalist üle jääv tahke setteosa, nn. terrigeenne materjal, on valdav sügavamates settekihtides: savisettes hõlmab see juba ligikaudu 90% kuivkaalust.
Setteid saab iseloomustada ka ühe tähtsaima taimede toiteaine, fosfori sisalduse alusel. Settesse ladestunud ning sealt vette tagasi lahustuv fosfor on tähtis veekogu enesereostuse põhjustaja. Nelja Eesti rannajärve uuring näitas, et võrreldes sisemaajärvedega on setetes fosforit suhteliselt vähe, erand oli aga taas Linnulaht, kus see näitaja osutus üsna suureks.

Humiinained. Looduslikest orgaanilistest ainetest mängivad setetes tähtsat rolli keerulise koostisega bioloogiliselt aktiivsed humiinained. Tegemist on kompleksühenditega, mis tekivad taimede ja neist toitunud olendite lagunedes.
Humiinaineid leidub kõikjal looduses, kaasa arvatud setetes. Oma keeruka struktuuri tõttu seovad nad mitmesuguseid mürkaineid ning kahjulikke orgaanilisi ühendeid, muutes need niiviisi raskesti lahustuvaks.
Et iseloomustada looduslike humiinainete sisaldust, määratakse enamasti vaid nende kaks tähtsamat rühma: humiinhapped (lahustuvad ainult leelistes) ning fulvohapped (lahustuvad vees, olenemata selle pH väärtusest).
Saare- ja Pärnumaa rannajärvede humiinhapete sisaldus pindmises kümnesentimeetrises kihis jääb valdavalt ühe protsendi piiresse sette kuivkaalust. Suurema sisaldusega on Põldealuse ja Linnulahe setted: üle kolme protsendi. Fulvohapete sisaldus on valdavalt kuni pool protsenti sette kuivkaalust ning suurim näitaja on jällegi Linnulahe settes.

Lipiidid on teine tähtis orgaaniliste ainete rühm, millele on viimasel ajal tähelepanu pööratud: neid peetakse üheks eutrofeerumise indikaatoriks. Saaremaa rannajärvede ja Pärnumaa rannikulõugaste setete pindmises kümnesentimeetrises kihis oli lipiide kuni 0,5% sette kuivkaalust, v.a. Linnulahes, kus see näitaja oli 1,2%.

Setete eemaldamine. Et tagada rannajärvede hea seisund, rakendatakse ühe meetmena setete eemaldamist. Enne on aga vaja hinnata, kas setted võivad sisaldada ohtlikke aineid. Olenevalt keskkonna omapärast ja saasteainete iseloomust võivad need töö käigus taas vette sattuda ja seda rikkuda.
Saastest puhtaid setteid saab kasutada ravimudana. Uuritud rannajärvedest on ravimuda sertifikaat praegu Mullutu-Suurlahe mudal. Ravimuda varude nimistusse on kantud veel Poka ja Oessaare lahe setted.

Rannajärvede imetajafauna ei ole eriti liigirikas: neile on omased eelkõige poolveelise eluviisiga liigid. Putuktoidulistest võib rannajärvede kaldapiirkonnas kohata vesimutti, ent selle liigi arvukuse ja leviku kohta neis elupaikades on vähe teada. Käsitiivalistest ehk nahkhiirtest võib rannikuveekogude, sealhulgas lõugaste korrapärasteks kasutajateks pidada vee- ja tiigilendlasi, kes on spetsialiseerunud toituma vee kohal lendavatest putukatest.
Närilistest võib rannajärvede kaldaroostikus ja kõrgrohustus tegutseda pisihiir, kes punub oma taimsest materjalist keraja pesa maast kuni meetri kõrgusele kõrte vahele. Poolveelise eluviisiga närilistest elutseb rannajärvedes ka mügri, kuid tema arvukus kõigub tugevasti. Kunagi introdutseeritud võõrliik ondatra oli 1970.–1980. aastatel üpris sage: näiteks Pärnumaa rannajärvedes olid nende kuhikpesad ja vees ujuvad toitumislavad tavaline vaatepilt. Praegu on see võõrliik aga looduslikel põhjustel taandunud. Kopra asurkond on seevastu suurenenud ning levila laienenud, hõlmates nüüd ka mõnd rannajärve.
Üks iseloomulikumaid imetajaid rannajärvedes on tänapäeval võõrliik mink. Tema röövlussurve on tõenäoliselt üks põhjusi, miks rannajärvede linnustik on viimase kahe kümnendi jooksul tunduvalt vaesunud. Suurematel kalarikastel rannikulõugastel ja -järvedel võib kohata teist kiskjat: peamiselt kaladest ja kahepaiksetest toituvat saarmast.

Lindudele on rannajärved enamasti väärtuslikud pesitsus- ja peatuspaigad. Linnustik muutub rannajärve arengu käigus. Alguses on kaldapinnas sageli paljas ning veeski on taimestik puudu või väga vähene. Selliseid kruusaseid, liivaseid või klibuseid randu eelistab pesitsuspaigana hulk vastavalt spetsialiseerunud kurvitsalisi ja kajakalisi: merisk, väiketüll, liivatüll, randtiir ja väiketiir; need sobivad ka ristpardile. Varjus pesitsevate veelindude jaoks pole taimestik pesa loomiseks veel piisav ning neid võib siin näha vaid läbirändel.
Järgmises arengufaasis kattuvad rannajärvede kaldad esmase kidura taimestikuga. Kariloomad trambivad lahti liivaseid ja mudaseid pinnaselaike, piiravad kalda- ja veetaimede levikut ning puistavad väljaheiteid. Sellised olud loovad lindudele hea toidubaasi. Kujuneb haudelinnustik, mis sarnaneb hästi hooldatud rannaniitude omaga: valdavad kaitsekorralduslikult olulised kahlajaliigid. Iseloomulikumad haudelinnud on kiivitaja, niidurüdi, tutkas, mustsaba-vigle, punajalg-tilder, jõgitiir, värvulistest põldlõoke ja lambahänilane.
Vähese karjatuskoormuse, toitainete sissekande ning maastumise tulemusel võib rannajärvede madalmurune kaldataimestik asenduda kõrgrohustuga ning tekivad esimesed kaisla- ja pilliroo kogumikud nii kalda- kui ka veealal. Eelkõige just selliste muutuste tõttu taanduvad tüüpilised rannaniidul pesitsejad: niidurüdi, mustsaba-vigle, tutkas jt. Kiiresti koguneb aga mitut liiki avamaavärvulisi. Kõrge rohuga kaldaalal suudavad pesitseda kurvitsalistest tikutaja, punajalg-tilder, värvulistest lambahänilane, sookiur, põldlõoke ja kadakatäks. Veealal vohama hakkav taimestik võimaldab siin pesitseda ka esimestel ujupartidel ning kajakatel, eelkõige rägapardil, luitsnokk-pardil ja naerukajakal. Naerukajakad mängivad olulist rolli ülejäänud linnustiku arengus, kaitstes oma tihedaid kolooniaid agressiivselt vaenlaste eest, ent seeläbi ka teisi samas pesitsevaid liike.
Rannajärvede arengu järgmises etapis on järv valdavalt ümbritsetud kaislastikuga, roostikualadest kujunevad juba nii kaldavööndis kui ka vees ulatuslikud laamad, tekkinud on hundinuia kogumid. Vaba veepind hakkab seetõttu tunduvalt vähenema. Avamaastike linnustik on nüüd täielikult taandunud ning mitmekesisuse haripunkti saavutab veelindude kooslus: kühmnokk-luik, hallhani, tuttvart, punapea-vart, tuttpütt, hallpõsk-pütt, väikekajakas, mustviires, hüüp, täpikhuik, lauk jt. Üha arvukamaks muutuvad haudelinnustikus ka mitut liiki roostikuvärvulised, näiteks rästas-roolind ja rootsiitsitaja. Laienenud roolaamad sobivad pesitsuseks roo-loorkullile ning kaisla-roostikuga alad kõrkja-roolinnule. Järve linnurohkust mõjutab kaldataimestiku mosaiiksus. Liigendatud servaga ja paljude vabaveelaikudega väikesed rannikulõukad on tihti märksa linnurohkemad kui suured üheülbalise kaldataimestikuga järved.

Rannajärvede kahepaiksete ja roomajate fauna oleneb ümbrusest. Metsaste kallastega veekogude ümbrus on liigivaesem, rannaniidud suurendavad liigirikkust. Rannaniitude veekogudes koeb rohukonn, rabakonn ja harilik kärnkonn, tihti ka tähnikvesilik, kohati tiigikonn, roomajatest tegutseb seal nastik.
Rannajärved on enamasti kalade kudealad ja kahepaiksetest saab seal turvaliselt sigida vaid harilik kärnkonn, kelle kulleste nahk on kaladele mürgine. Teised kahepaiksed vajavad kudemiseks väga madalaid lõuka servaalasid või eraldi lompe. Märjad rannaniidud ja madalamad lõukad on Eestis hävimisohus oleva kahepaikse, kõre ehk juttselg-kärnkonna peaaegu ainuke eluala.

Kalade liigirohkuse määrab järve veepeegli suurus ja vee sügavus. Meie parimad kalajärved on tavaliselt vähemalt 70 ha suurused ja ligikaudu 6 m sügavad.
Mandri-Eesti suuremates väikejärvedes on tavaliselt 6–12 liiki kalu, enim levinud on haug, ahven ja särg. Rannajärved ei ole kaladele just parimad elupaigad, eelkõige madala vee tõttu. Meie seisuveekogude umbes 35 kalaliigist tabasime 2010. ja 2011. aastal lõukaid uurides 15 liiki: viidikas, teib, särg, roosärg, ogalik, nurg, mudamaim, luukarits, linask, kiisk, koger, hõbekoger, hink, haug ja ahven. Puudu on Eesti mandriosas olulised püügikalad latikas, koha ja siiglased. Liigirikkamates suuremates rannajärvedes saime ühest järvest kätte 9–11 liiki kalu, väiksemates jäi liikide arv 4–6 piiresse.
Suurvee, üleujutuste ja tormidega satub lõugastesse merest uusi kalaliike, kuid nad ei pruugi seal püsima jääda.
Röövkaladest leidus peaaegu kõigis rannajärvedes haugi ja ahvenat, välja arvatud väikestes Oessaare ja Aenga lahes. Neljas järves oli ahven arvukaim kalaliik. Lepiskalade arvukust vähendab rannajärvedes siiski peamiselt haug. Vööla mere ja Hara lahe vahelise truubi rekonstrueerimine selgitas, et hea ühendus merega soodustab haugi arvukust tunduvalt.

Maismaatigude uuring rannajärvede kallastel näitas, et liigirikkaimad elupaigad on lodumetsad. Iseäranis liigirikas on avatud madalsoodest ja nende vahel paiknevatest väikestest lehtmetsatukkadest moodustunud mosaiikne maastik. Kokku leiti 38 liiki maismaatigusid: 25 Saaremaalt 2010. aastal, 31 Läänemaalt 2011. aastal.
Erilist tähelepanu pöörati pisitigudele (perekond Vertigo), kelle seast leiti ka haruldusi, näiteks vasakkeermeline pisitigu (loodusdirektiivi II lisa ja III kategooria looduskaitsealune liik). Pisiteod on paari millimeetri suurused, piiratud levikuga ja kohastunud elama vaid kindlat tüüpi elupaikades.

Vee suurselgrootud. Sage veetaseme kõikumine, merevee sissetung, aga kohati (nt. Linnulaht) ka mudastumine kajastub rannajärvede suurselgrootute faunas. Liigid on enam-vähem samad mis muudeski Eesti järvedes, kuid nende arvukus keskmine või väike, olenevalt keskkonna muutlikkusest. Pole üllatav, et iseäranis vähe leidub väga tundlike seltside putukaid (ühepäevikulised ja ehmestiivalised). See-eest on sageli palju liike tigusid, mardikaid ja lutikaid, nii nagu tiikides või kraavides. Kaitsealustest liikidest võib mõnikord leida apteegi- ehk kirjukaani. Suurselgrootute poolest kõige liigirikkamad on need järved, kuhu soolast vett enam ei tungi ja kuhu on tekkinud õõtsik.

Suurtaimed. Väga noortes rannajärvedes on suurtaimi väga vähe ja peamised orgaanilise aine tootjad on hoopis kinnitunud mikrovetikad ehk mikrofütobentos. Need katavad veekogu põhja sageli tiheda mati või korbana. Järve vanusega suureneb ka suurtaimede hulk. Taimestik oleneb ka ühendusest merega.
Rannajärve arenedes, n.-ö. vananedes, muutub veetaimestiku kooslus järk-järgult merelis/riimveelisest mageveelisemaks. Seetõttu hinnatakse rannajärvede ökoloogilist seisundit nii riim- kui ka mageveekogudele omaste taimeliikide ohtruse ja osakaalu järgi. Kaldaveetaimedest on tähtis indikaator lääne-mõõkrohi (looduskaitseseaduse III kaitsekategooria), veesisestest taimedest kare mändvetikas ja ruuge mändvetikas ning harilik vesihernes.
Mandri-Eesti sisejärvedega võrreldes on rannajärvede suurtaimestik ohter, kuid üpris liigivaene: veetaimeliikide arv piirdub paarikümnega. Eluvormidest leidub peamiselt kaldavee- ja veesiseseid taimi; kolmandat eluvormi, ujulehtedega taimi leidub väga vähe. Neljas eluvorm, ujutaimed, on levinud kas väga väikestes rannajärvedes või suuremate eraldatud soppides.

Kaldaveetaimestik hõivab rannajärvedes enamasti suure osa järve pindalast, seda soodustab nii vee madalus kui ka hoogus maapinna kerge, mis läänesaarte alamvesikonnas on keskmiselt 2,8 mm aastas [13]. Nii on paljude rannajärvede nõgu kas osaliselt või täielikult kaldaveetaimestikku täis kasvanud. Enamasti on siin tegu hariliku pilliroo, kareda kaisla ja meri-mugulkõrkjaga. Mõnevõrra harvem kohtab lääne-mõõkrohtu, tema levik piirdub peamiselt madala kaldaveega.

Ujulehtedega taimestiku vähest levikut rannajärvedes seletatakse eelkõige madala ja kõikuva veetasemega ning sulfaadi- ja kloriidirikka veega [8]. Kui see vöönd siiski leidub, leiab sealt tavaliselt vähenõudlikke liike: ujuvat penikeelt, vesi-kirburohtu, harvem valget vesiroosi [7]. Kasvukohtadena eelistavad nad tuulevarjulisi järvesoppe, kus levivad valdavalt vaid hõredate kogumikena. Sageli ei kasva nad omaette vööndina, vaid segamini kaldaveetaimedega.

Ujutaimedest leidub rannajärvedes sagedamini ning ohtramalt ristlemmelt ja väikest lemmelt, harvem konnakilbukat ja hulgajuurist vesiläätse. Ujutaimed katavad vaba veepinda kaldaveetaimede vööndi servas või nende vahel.

Veesiseses taimestikus valdavad liigid, mis eelistavad pehmet põhjapinnast ja riimvett ning taluvad suurt veetaseme kõikumist. Vee madaluse ning suure läbipaistvuse tõttu katab veesisene taimestik suurt osa veekogu põhjast. Peamiselt on tegu mändvetiktaimedega, mis moodustavad tihti veepinnani ulatuvaid matte. Liigid on sarnased rannikumere omadega, kust nad enamjaolt ju pärinevadki.
Rannajärvede eripära võrreldes rannikumerega on kuni kaks korda rohkem mändvetikaliike: kokku on neid siit leitud 14. Kõige sagedamini leidub karedat ja ruuget mändvetikat, oluliselt harvemini ning vähem ohtralt liht-, käharat ja näsa-mändvetikat.
Mändvetikaile järgnevad ohtruselt kamm-penikeel, tähk-vesikuusk ja vahelmine näkirohi. Teise kategooria kaitsealuse liigina on vahelmist näkirohtu läbi aegade kindlaks tehtud vaid 14 ranna- ning 4 Mandri-Eesti sisejärves. Sagedad, kuid enamasti väheohtrad on ka vesiherned ning hein-, muda- ja ogaterav penikeel. Eriti toiteainerikastesse rannajärvedesse on ilmunud räni-kardhein ning harilik hanehein.

Fütoplankton. Tavaliselt toodavad järvedes kõige rohkem orgaanilist ainet hõljuvad mikrovetikad (taimne hõljum ehk fütoplankton), järgnevad suurtaimed – peamiselt soontaimed – ning kolmandana tahketele osistele kinnituvad mikrovetikad (pealiskasv ehk mikrofütobentos). Rannajärvedes on järjekord teistsugune: esikohal on suurtaimed, põhiliselt mändvetikad; teine ja kolmas koht võib vahelduda mikrofütobentose ja fütoplanktoni vahel.
Rannajärvede fütoplanktonit iseloomustab soolalembeste liikide suur osakaal, eriti ränivetikate seas. Tõelisi planktoniliike on vähe, mõnes halotroofses (s.t. suure mineraal- ja vähese huumusainete sisaldusega) madalas järves puuduvad need üldse.

Protistid, bakterid. Mitmest rannajärvest on leitud mikrovetikatest ja protistidest koosnevaid sültjaid kolooniaid, mille läbimõõt on kuni 6 cm. 2008. ja 2009. aastal leiti Järise järvest ning 2010. aastal Suurlahest kolooniad, mis koosnesid protistist Ophrydium versatile ja mitut liiki vetikatest. Iga üherakuline protist paiknes limakapslis ning oli omakorda täis tuubitud väikseid üherakulisi Chlorella perekonna rohevetikaid, kes fotosünteesivad talle orgaanilist ainet. Limakapslid olid omavahel ühendatud kärjekujuliselt: võib arvata, et need olevused leiutasid kärjekujulise struktuuriga elamu ammu enne mesilasi.
Selgeveeliste rannajärvede põhjast võib leida vetikakorpa, mis koosneb peamiselt sinivetikatest, kes elavad sümbioosis teiste bakterite ja protistidega. Sellisel korbal on tavaliselt kolm kihti: 1) roheline, hallikasroheline või rohekashall (peamiselt sinivetikate vaibataoliselt põimunud niidid), 2) must anaeroobne (bakterid) ja 3) hele mineraalne osa.

Zooplankton ehk loomne hõljum kujutab endast veekihis vabalt elavaid mikroskoopilisi loomi. See loomarühm paikneb järveökosüsteemi toitumispüramiidi keskel, toitudes mikrovetikatest, bakteritest, orgaanilisest laguainest (detriidist) ning olles omakorda toiduks lepiskaladele, röövkalade noorjärkudele ja teistele suurematele loomadele. Zooplankterite seas on ka kiskjaid, kes toituvad endast väiksematest loomadest.
Rannajärvede heitlik režiim kajastub ka loomse hõljumi koosseisus. Kuna rannajärved on madalad ja vähese veega, siis ei leidu kuigi palju elupaiku, mis sobiksid hõljuvatele väikeolenditele. Paremad on tingimused taimede vahel, kus eluneb teisigi väikeloomi. Mida vanem on rannajärv, seda rikkalikum on zooplankton ja seda rohkem on selle liigistik sisemaa järvede moodi [8]. Zooplanktoni liikide arvukus oleneb suuresti soolsusest: mõnel liigil on see suurem soolases ja mõnel magedamas vees.
Rannajärvedele on iseloomulik aerjalgsete hulka kuuluva hormikulise liigi Eurytemora velox kompleks, s.t. eri vormid [4]. Eurytemora perekonna liigid elavad enamasti meres.

1. Kisand, Anu 2008. Settefosfori vormid ning nende mõju järvede ökosüsteemidele. Eesti Maaülikool (väitekiri). http://digar.nlib.ee/digar/show/?id=47404.
2. Lehtpuu, Maili 2011. Saaremaa rannajärvede veesisest taimestikku mõjutavad tegurid. Rakendushüdrobioloogia bakalaureusetöö. Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja Keskkonnainstituudi Limnoloogiakeskus. http://pk.emu.ee/userfiles/LT2011/Maili_Lehtpuu_2011.pdf.
3. Loopmann, August 1984. Suuremate Eesti järvede morfomeetrilised andmed ja veevahetus. Eesti NSV Teaduste Akadeemia, Tallinn.
4. Mäemets, Aare 1974. On Estonian Lake Types and Main Trends of Their Evolution. – Estonian Wetlands and Their Life. Tallinn: 29–62.
5. Mäemets, Aare 1976. Lake types as basis for the limnological division on the Estonian S.S.R. – Estonia. Regional Studies. Tallinn: 63–71.
6. Mäemets, Aare 1977. Eesti NSV järved ja nende kaitse. Valgus, Tallinn.
7. Mäemets, Aime. 1988. Saare- ja Hiiumaa järvede suurtaimestikust. – Eesti Loodusuurijate Seltsi aastaraamat 72: 71–83.
8. Ott, Ingmar; Kõiv, Toomas 1999. Eesti väikejärvede eripära ja muutused. Keskkonnaministeeriumi Info- ja Tehnokeskus. Tallinna Raamatutrükikoda,Tallinn.
9. Paal, Jaanus 2007. Loodusdirektiivi elupaigatüüpide käsiraamat. Eesti Natura 2000. Teine, parandatud ja täiendatud trükk. Auratrükk, Tallinn.
10. Pinnaveekogumite moodustamise kord ja nende pinnaveekogumite nimestik, mille seisundiklass tuleb määrata, pinnaveekogumite seisundiklassid ja seisundiklassidele vastavad kvaliteedinäitajate väärtused ning seisundiklasside määramise kord. 2009. Keskkonnaministri 28. juuli 2009. a. määrus nr 44. – RTL 2009, 64: 941. www.riigiteataja.ee/akt/125112010015.
11. Rannajärved Eestis ja Läänemere keskosas. Arengulugu, geoloogia ja hüdroloogia, elustik ning looduskaitseline väärtus. 2012. – Kose, M. (toim.). Tartu Ülikooli Pärnu Kolledž; Keskkonnaamet; Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja Keskkonnainstituudi Limnoloogiakeskus. EL Interreg IV A programmi Kesk-Lääne alamprogramm.
12. Tamre, Ruta; Kõiv, Toomas; Ott, Ingmar 2008. Young and quickly vanishing coastal lakes in Estonia. – Structure and function of world shallow lakes. Néstor Mazzeo, Mariana Meerhoff (eds.). Punta del Este, Uruguay. Facultad de Ciencias, Universidad de la Republica. Montevideo. Uruguay: 110.
13. Vallner, Leo; Sildvee, Heldur; Torim, Ants 1988. Recent crustal movements in Estonia. – J. Geodyn. 9: 215–223.
14. Кессел, Хелги 1968. Формирование озер на поднимающемся побережъе Эстонии (Järvede teke Eesti kerkival rannikul). – Изв. АН ЭССР, сер. хим., геол., т. 17: 59–66.
15. Саарсе, Лeили 1994. Донные отложения малых озер Эстонии. Академия наук Эстонии, Таллинн.

Ingmar Ott on Eesti maaülikooli põllumajandus- ja keskkonnainstituudi limnoloogiakeskuse professor.
Mati Kose on Tartu ülikooli Pärnu kolledži teadur.
Kaja Lotman on keskkonnaameti Hiiu-Lääne-Saare regiooni juhataja.

Artikli valmimisele on kaasa aidanud Tõnu Feldmann, Hans Hastbäcka, Katrit Karus, Aivo Klein, Teet Krause, Kaidi Kübar, Ilona Lepik, Kairi Maileht, Kadri Paomees, Anu Palm, Kristine Palm, Aimar Rakko, Tiina Talvi, Ruta Tamre, Henn Timm,Tarvo Valker ja Monika Übner.